Stonek je vlastně nadzemní část rostliny, spojující kořen s listy. Na stonku rozeznáváme uzliny, ze kterých vyrůstají listy, a články, které jsou částmi stonku mezi dvěma po sobě jdoucími listy. Uzliny se téměř neprodlužují, články jsou naopak schopné i velkého růstu. V případě, že je růst článků potlačen, vyrůstají listy zdánlivě z jednoho místa a vytvářejí tzv. listovou růžici (jitrocel kopinatý nebo pampeliška lékařská). Byliny mají stonek dužnatý, dřeviny dřevnatý.
Dřeviny bývají vytrvalé, byliny jsou jednoleté neboli letničky, dvouleté, víceleté nebo vytrvalé.
- Jednoleté byliny žijí jen jedno vegetační období, během kterého vyklíčí, vykvetou, vytvoří plody se semeny a pak zaniknou (zeměžluč menší, heřmánek pravý). Patří k nim i ozimy, které vyklíčí na podzim, zimu přečkávají ve vegetativním stavu a následujícího roku vytvářejí plody (ozimé obiloviny).
- Dvouleté rostliny v prvním roce vyklíčí a vytvoří obyčejně listovou růžici a někdy i dužnaté zásobní kořeny. Ve druhém roce pak kvetou a plodí a poté uhynou (divizna velkokvětá, pupalka dvouletá).
- Víceleté rostliny kvetou a plodí teprve po několika vegetačních obdobích (andělíka lékařská).
- Vytrvalé rostliny (trvalky) žijí řadu vegetačních období, během nichž kvetou a plodí. Nepříznivá období, zimu či naopak sucho, přečkávají kořeny nebo jiné podzemní části rostliny (puškvorec obecný, kosatec bledý, hořec žlutý, konvalinka vonná, pampeliška lékařská).
- Polokeře jsou vytrvalé rostliny s dřevnatějící spodní částí stonku. Vrchní část stonku, bylinná, každoročně odumírá (vytrvalý druh saturejky zahradní, šalvěj lékařská či levandule lékařská).
- Keře jsou dřeviny, větvící se hned nad zemí (šípková růže). Malé keře nazýváme keříky (brusnice brusinka).
- Stromy mají stonek zcela zdřevnatělý. U stromů rozlišujeme kmen větvící se až v určité výšce a korunu, která vzniká rozvětvením kmene.
V botanické klasifikaci rozlišujeme následující druhy stonků:
- lodyha – nadzemní bylinný stonek s listy (měsíček zahradní),
- stvol – bezlistý stonek, vyrŧstající z listové růžice a zakončený květenstvím (pampeliška lékařská, plicník lékařský),
- stéblo – stonek charakterizovaný zřetelnými články, oddělenými uzlinkami čili kolénky (trávy).
Podle prostorové orientace pak rozlišujeme:
- stonek přímý, rostoucí víceméně přímo vzhůru (vlčí mák),
- stonek vystoupavý, jehož spodní část je poléhavá, vrchní se pak otáčí vzhůru (vřes obecný, mateřídouška obecná),
- stonek poléhavý, který poléhá u země, ale v uzlinkách nevytváří náhradní kořínky (rdesno ptačí – truskavec),
- stonek plazivý se plazí u země a v uzlinkách, které se dotýkají země, vytváří náhradní kořínky (průtržník lysý),
- stonek ovíjivý se ovíjí vzhůru kolem opory. Může být pravotočivý nebo levotočivý (svlačec rolní, chmel otáčivý, fazol obecný),
- stonek popínavý se různými mechanismy přidržuje opory. Mohou to být například úponky (hrách setý), tzv. příčepivé kořeny (břečťan popínavý) nebo se stonek opírá o oporu trny (ostružiník křovitý).
Podle průřezu rozeznáváme:
- stonek oblý (prvosenka jarní, plicník lékařský),
- stonek čtyřhranný (hluchavka bílá, některé třezalky, například třezalka čtyřkřídlá),
- stonek křídlatý (kostival lékařský),
- stonek rýhovaný (přeslička rolní).
Podle větvení rozlišujeme:
- větvení hroznovité, u kterého z hlavního stonku vyrůstají postranní stonky, nepřerůstající stonek hlavní (divizna velkokvětá)
- větvení vrcholičnaté, kde postranní stonky hlavní stonek přerůstají (jmelí bílé)
- větvení sounožné (neboli sympodiální), kde větvení střídavě vyrůstá na jednu a na druhou stranu (lípa srdčitá nebo vinná réva)
- větvení vidličnaté, kde se mateřský stonek vidlicovitě větví a takto vzniklé malé stonky v takovém větvení pokračují. Postranní stonky vyrůstají z tzv. úžlabních pupenů, vznikajících obvykle v paždí listů (u plavuně)